Η Πανεπιστημιακή Ανασκαφή στο Πλάσι Μαραθώνα είναι ερευνητικό πρόγραμμα του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών. Η ανασκαφή ξεκίνησε το 2014 και έως τώρα έχει αποκαλύψει αλλεπάλληλα στρώματα ανθρώπινης δραστηριότητας που περιλαμβάνουν οικισμό της Πρώιμης και Μέσης Εποχής του Χαλκού (3.000-1.700 π.Χ.), νεκροταφείο των αρχών της Ύστερης Εποχής του Χαλκού (1.700-1.500 π.Χ.), οικισμό των Μυκηναϊκών χρόνων (1.400-1.200 π.Χ.), νεκροταφείο της Πρώιμης Εποχής του Σιδήρου (1.100-800 π.Χ.), ιερό των Αρχαϊκών χρόνων (800-500 π.Χ.) και βιοτεχνικές εγκαταστάσεις της Ελληνιστικής περιόδου (330-200 π.Χ.).
Εκτός από την αποκάλυψη της μακρόχρονης ιστορίας του Μαραθώνα και της εκπαίδευσης των νέων αρχαιολόγων, η ανασκαφή έχει επίσης στόχο την ευαισθητοποίηση του κοινού σχετικά με την προστασία της αρχαίας πολιτιστικής κληρονομιάς και τη σημασία της επιστήμης της Αρχαιολογίας, ιδιαίτερα της ανασκαφικής μεθοδολογίας. Ο στόχος αυτός υπηρετείται μέσω ενός προγράμματος δημόσιας αρχαιολογίας, που περιλαμβάνει επιτόπια εκπαιδευτικά προγράμματα για παιδιά και προγράμματα επισκέψεων και ξεναγήσεων για ενηλίκους.
Η ανασκαφή γίνεται το Μάιο κάθε χρόνου, και ξεκινά μετά τις διακοπές του Πάσχα και έως τις αρχές Ιουνίου.